Il y a deux mille ans, la forêt sacrée de Sénart s'étendait jusqu'à Bellus Lucus, devenu Beaulieu. Un menhir dans le bois des Joies, dit le « grand berger » témoigne de ce lointain passé druidique gallo romain.
Les premiers documents relatifs à Boissise-la-Bertrand remontent au l2è siècle: en 1135 quelques religieux s'installèrent à l'orée des bois de Beaulieu pour bâtir un oratoire dédié à Saint Acire. Ces moines soumis à la régIe de Saint Bernard s'adressèrent à l'abbaye de Citeaux pour que leur monastère soit du même ordre. En 1143 leur offre fut acceptée et le domaine agrandi en 1160 au Larré grâce aux libéralités de Louis VII.
En 1172, un jugement du parlement de Paris évoque les habitants de BUSSEIS, contraction de "boccus sedes"dans les arrêtés d'un procès. Nous étions alors, tout comme Boissettes (Apud Buxetam} et Seine-Port (Sacer Portus) dans le fief des barons de Saint Port, dont le premier connu estRenaud 1er en 1180. Maintenue deux siècles dans la même famille, en 1391 la Seigneurie passe dans la maison Vaudetar qui l'incorpore à son fief de Pouilly-le-Fort. Les Vaudetar seront les maîtres de Boissise jusqu'en 1720.
Comment Busseis ou Bocus Sedes devint-il Boissise-la-Bertrand ?
Contrairement à une hypothèse qui attribuait la toponymie communale à Bertrand du Guesclin, de passage avec Jeanne d’Arc au moment du siège de Melun, il semble que les noms accolés des deux châteaux mediévaux soient à l’origine du nom du village que l’on retrouve sur les cartes de Cassendi.
Le 8 juin 1720, le domaine de Pouilly comprenant la seigneurie de Boissise la Bertrand, fut vendue à Monsieur Jean Baptiste Glucq, baron de Seine Port et de Saint Assise, conseiller honoraire du Roi.
A partir de cette époque, Boissise-la-Bertrand suivit le sort de l'important domaine de Saint Assise, qui, jusqu'à la Révolution, appartint successivement en 1748 à Monsieur de Montullé, puis en 1773 à la marquise de Montesson, épouse morganatique du Duc d'Orléans, enfin en 1785 au Comte de Provence (futur Louis XVIII),
Avec le découpage administratif de la Convention, Boissise la Bertrand eut l'honneur de devenir chef lieu de canton, dont le graveur Marillier fut le premier juge de Paix, domicilié au hameau de Beaulieu, dans le château du XVII siècle. François Chalumeau, contemporain des faits révolutionnaires, vivait au château du Larré ; il était secrétaire du Comte d'Artois et écrivain qui eut son heure de gloire.
Plusieurs années après Marillier, un personnage assez extraordinaire habita au château de Beaulieu. Il s'agit de Regnier qui ouvrit à Boissise des carrières de grès, pour le pavage des rues de Paris et la construction du nouvel opéra Garnier. Mais c'est en se présentant à Bazaine comme l'envoyé d'Hastings avec un passeport prussien et en prétendant en septembre 1870 restaurer l'empire qu'il est entré dans l'histoire, du moins celle de l'espionnage.